TABLE 5 Comparison of single-nucleotide polymorphisms (SNPs) associated with chronic mucus hypersecretion with a p-value <10⁻² in NELSON subjects with and without chronic obstructive pulmonary disease (COPD)

CHR	SNP	Position bp	Minor allele	NELSON-COPD				NELSON-non-COPD				Direction of effect^#	Closest gene(s)
CHR	SNP	Position bp	Minor allele	MAF	Rank	p-value	OR	MAF	Rank	p-value	OR	Direction of effect^#	Closest gene(s)
1	rs6677529	160 530 378	A	0.19	48	7.24×10⁻³	1.42	0.17	10	1.03×10⁻³	1.45	+ +	NOS1AP^¶
3	rs12632852	11 593 682	G	0.40	2	3.20×10⁻⁴	0.67	0.39	52	8.70×10⁻³	1.28	− +	VGLL4^¶
3	rs2574704	11 630 381	G	0.29	26	3.94×10⁻³	0.72	0.29	4	5.25×10⁻⁴	1.40	− +	VGLL4^¶
3	rs2574720	11 635 412	C	0.26	7	1.08×10⁻³	0.68	0.26	3	3.97×10⁻⁴	1.43	− +	VGLL4^¶
3	rs2616551	11 642 123	G	0.18	54	7.91×10⁻³	0.69	0.18	2	3.57×10⁻⁴	1.50	− +	VGLL4^¶
3	rs12374151	16 605 508	A	0.12	18	2.83×10⁻³	0.61	0.13	48	7.25×10⁻³	1.43	− +	DAZL^¶
3	rs9852824	24 397 993	A	0.46	50	7.51×10⁻³	1.32	0.46	60	9.90×10⁻³	0.79	+ −	THRB^¶
3	rs3796150	66 584 924	A	0.20	55	8.54×10⁻³	0.70	0.17	32	4.73×10⁻³	0.70	− −	LRIG1^¶
3	rs7648171	106 704 936	G	0.20	41	6.16×10⁻³	0.70	0.21	36	6.03×10⁻³	0.73	− −	ALCAM^¶
4	rs4306981	80 143 145	G	0.31	1	4.40×10⁻⁵	1.57	0.30	6	5.73×10⁻⁴	1.40	+ +	PAQR3, ARD1B
4	rs10518211	80 156 089	G	0.48	21	3.50×10⁻³	1.35	0.48	20	1.93×10⁻³	1.33	+ +	PAQR3, ARD1B
4	rs4834752	120 275 247	A	0.42	12	1.97×10⁻³	0.72	0.44	15	1.30×10⁻³	1.34	− +	MYOZ2^¶
4	rs1017710	180 937 258	A	0.07	5	9.14×10⁻⁴	1.97	0.07	37	6.23×10⁻³	0.58	+ −	LOC391719, hCG_2025798
4	rs17068194	180 952 052	A	0.07	6	9.14×10⁻⁴	1.97	0.07	41	6.71×10⁻³	0.58	+ −	LOC391719, hCG_2025798
5	rs365294	3 476 838	A	0.38	45	6.74×10⁻³	1.34	0.37	8	7.47×10⁻⁴	1.38	+ +	LOC100132531, IRX1
5	rs1995385	73 415 681	G	0.23	4	6.71×10⁻⁴	0.65	0.23	58	9.39×10⁻³	1.32	− +	RGNEF, ENC1
5	rs718164	73 417 137	G	0.23	3	5.37×10⁻⁴	0.64	0.23	57	9.37×10⁻³	1.32	− +	RGNEF, ENC2
5	rs11738681	176 694 141	G	0.33	43	6.35×10⁻³	0.74	0.32	43	6.79×10⁻³	0.76	− −	LMAN2^¶
5	rs11949401	176 698 595	G	0.33	36	5.26×10⁻³	0.73	0.31	53	8.76×10⁻³	0.76	− −	LMAN2^¶
5	rs9313758	176 705 697	C	0.33	44	6.35×10⁻³	0.74	0.31	42	6.76×10⁻³	0.76	− −	LMAN2^¶
5	rs4532376	176 707 009	A	0.33	33	4.86×10⁻³	0.73	0.31	33	5.13×10⁻³	0.75	− −	LMAN2^¶
5	rs4131289	176 713 151	A	0.33	40	5.88×10⁻³	0.74	0.31	29	4.15×10⁻³	0.74	− −	LMAN2, RGS14
6	rs10457138	106 460 454	G	0.27	15	2.47×10⁻³	0.70	0.26	17	1.66×10⁻³	1.37	− +	LOC100130683, PRDM1
7	rs40463	40 915 342	A	0.12	24	3.65×10⁻³	1.55	0.13	51	8.30×10⁻³	0.68	+ −	C7orf10, INHBA
7	rs4729686	100 747 270	A	0.07	13	2.18×10⁻³	0.50	0.07	22	2.76×10⁻³	1.67	− +	RABL5^¶
7	rs2905286	112 081 312	G	0.48	57	9.04×10⁻³	0.76	0.48	39	6.56×10⁻³	0.78	− −	NPM1P14, LOC100128875
8	rs2055516	769 714	C	0.25	11	1.85×10⁻³	1.46	0.25	14	1.27×10⁻³	1.40	+ +	C8orf68^¶
8	rs10105558	783 149	A	0.25	27	4.04×10⁻³	1.42	0.25	28	3.65×10⁻³	1.35	+ +	C8orf68^¶
8	rs13282923	4 473 969	G	0.29	29	4.10×10⁻³	1.38	0.29	18	1.82×10⁻³	0.72	+ −	CSMD1^¶
8	rs13273819	135 514 435	A	0.23	35	5.25×10⁻³	1.39	0.23	54	9.15×10⁻³	1.32	+ +	LOC100129104, ZFAT
9	rs530582	134 354 849	G	0.15	17	2.76×10⁻³	0.64	0.17	7	6.63×10⁻⁴	1.49	− +	RP11-738I14.8^¶
10	rs10903396	1 208 030	G	0.46	28	4.06×10⁻³	0.74	0.46	38	6.26×10⁻³	0.78	− −	C10orf139, LOC100130729
10	rs10905113	7 246 430	G	0.44	8	1.14×10⁻³	1.41	0.44	50	8.12×10⁻³	0.79	+ −	SFMBT2^¶
10	rs17601717	52 831 431	G	0.23	39	5.38×10⁻³	0.71	0.25	40	6.57×10⁻³	1.32	− +	PRKG1^¶
10	rs7902476	72 693 742	A	0.11	25	3.70×10⁻³	0.60	0.12	26	3.37×10⁻³	0.64	− −	UNC5B^¶
11	rs2273688	35 295 319	A	0.27	31	4.49×10⁻³	0.71	0.28	16	1.56×10⁻³	1.40	− +	SLC1A2^¶
11	rs10768129	35 319 065	A	0.27	47	7.02×10⁻³	0.72	0.28	13	1.21×10⁻³	1.40	− +	SLC1A2^¶
11	rs7127824	35 330 427	A	0.27	22	3.64×10⁻³	0.70	0.28	11	1.14×10⁻³	1.40	− +	SLC1A2^¶
11	rs7130967	35 330 584	A	0.27	23	3.64×10⁻³	0.70	0.28	12	1.14×10⁻³	1.40	− +	SLC1A2^¶
11	rs927352	35 334 090	A	0.30	58	9.36×10⁻³	0.73	0.31	19	1.90×10⁻³	1.36	− +	SLC1A2^¶
11	rs11033910	37 021 958	G	0.28	53	7.82×10⁻³	0.73	0.29	56	9.32×10⁻³	1.30	− +	C11orf74, LOC100129825
11	rs12417575	85 832 165	G	0.28	37	5.31×10⁻³	0.72	0.27	59	9.85×10⁻³	0.76	− −	ME3^¶
11	rs689051	124 797 700	A	0.16	10	1.43×10⁻³	1.58	0.15	30	4.40×10⁻³	0.67	+ −	PKNOX2^¶
12	rs17179798	5 184 769	A	0.24	52	7.73×10⁻³	1.38	0.23	27	3.51×10⁻³	1.37	+ +	KCNA5, LOC387826
12	rs1894307	11 896 987	A	0.15	34	4.90×10⁻³	1.49	0.14	9	9.39×10⁻⁴	1.50	+ +	ETV6^¶
12	rs2255953	11 902 003	G	0.23	59	9.78×10⁻³	1.38	0.21	5	5.34×10⁻⁴	1.45	+ +	ETV6^¶
12	rs2855708	11 904 839	G	0.28	30	4.10×10⁻³	1.40	0.27	34	5.40×10⁻³	1.31	+ +	ETV6^¶
12	rs1820545	39 096 860	G	0.41	38	5.32×10⁻³	0.75	0.42	31	4.47×10⁻³	1.29	− +	LRRK2, MUC19
12	rs7306163	39 111 184	C	0.41	42	6.21×10⁻³	0.75	0.42	35	5.50×10⁻³	1.28	− +	MUC19^¶
14	rs8009673	31 412 453	A	0.14	46	7.00×10⁻³	1.50	0.13	21	2.23×10⁻³	1.49	+ +	NUBPL, C14orf128
14	rs7155416	76 021 126	A	0.12	51	7.72×10⁻³	1.51	0.14	23	3.02×10⁻³	1.46	+ +	ESRRB^¶
14	rs9323838	88 789 353	G	0.37	56	8.68×10⁻³	1.33	0.38	49	7.94×10⁻³	0.78	+ −	FOXN3^¶
15	rs1531636	92 404 552	A	0.36	14	2.36×10⁻³	1.40	0.34	44	7.05×10⁻³	1.28	+ +	LOC283682, LOC100129642
16	rs7202333	67 438 996	G	0.39	32	4.76×10⁻³	0.73	0.37	47	7.24×10⁻³	0.77	− −	TMCO7^¶
16	rs7184633	81 379 514	A	0.40	19	2.93×10⁻³	0.73	0.40	1	2.67×10⁻⁴	0.71	− −	CDH13^¶
19	rs10411733	62 482 800	A	0.47	16	2.60×10⁻³	0.73	0.46	25	3.29×10⁻³	1.31	− +	ZNF460^¶
20	rs2224326	19 689 491	A	0.23	9	1.31×10⁻³	0.66	0.24	46	7.15×10⁻³	1.31	− +	LOC100130408^¶
20	rs4811610	53 652 782	G	0.29	60	9.92×10⁻³	1.33	0.31	45	7.11×10⁻³	0.76	+ −	RPL12P4, CBLN4
22	rs2073760	17 886 456	A	0.40	49	7.33×10⁻³	1.32	0.40	24	3.20×10⁻³	0.76	+ −	CDC45L^¶
22	rs467768	28 291 986	A	0.14	20	3.43×10⁻³	0.64	0.15	55	9.29×10⁻³	0.70	− −	NIPSNAP1^¶

CHR: chromosome; MAF: minor allele frequency. ^#: in the order NELSON-COPD and NELSON-non-COPD, where − indicates odds ratio ≤0.95 and + indicates odds ratio >1.05; ^¶: SNP present in intron.